Le microbiome humain désigne les micro-organismes et leur génome qui résident dans une niche anatomique. Le développement des techniques de séquençage génétique a permis une avancée décisive dans la connaissance des écosystèmes opérant dans et sur le corps humain.
Constitué de plusieurs milliards de micro-organismes, le microbiote est directement impliqué dans la protection et le bien-être de notre peau.
Les bactéries du microbiote cutané, sont classées selon 4 lignées (ou phyla) :
A côté de ces 4 groupes bactériens, bien qu’on les connaisse moins bien, on retrouve sur la peau d’autres microorganismes résidents tels que les virus, les champignons et les parasites.
Chez tout individu, la composition microbienne de la peau est très hétérogène et dépend du micro environnement du site cutané concerné.
Ainsi, les zones de peau humide abritent des micro organismes très différents des zones sèches.
Un peu comme la forêt tropicale et le désert ont un univers écologique très différent.
On distingue trois types de microenvironnement avec des caractéristiques microbiennes communautaires différentes :
Les zones sébacées (où les propionibactéries et les staphylocoques prédominent),
Les zones humide (où les Corynebacteries prédominent mais les Staphylocoques sont également présents)
Les zones sèches enfin avec une plus grande prévalence de β-protéobactéries et Flavobacteriale) (1)
Composition du microbiote cutané adapté de (1).
Mieux encore, on peut observer des variations sur une même zone entre les individus, en fonction de l’état de santé, de l’environnement dans lequel ils évoluent ou encore les comportements quotidiens.
De même, il existe des différences liées à l'âge.
Parmi les Firmicutes, Staphylococcus epidermidis représente plus de 90% de tous les microbiotes résidants aérobies et exerce de nombreuses actions anti-inflammatoires qui favorisent la fonction barrière de la peau. Il est ainsi capable d’inhiber la colonisation de la peau par des bactéries potentiellement pathogène comme le Staphylococcus aureus.
Cela inclut la production de peptides antibactériens (bactériocines), des propriétés immuno-modulatrices (inhibition de la production de cytokines inflammatoires) et l’amélioration de l’expression des protéines des jonction serrées.
Ainsi, comme avec d'autres organes, le système immunitaire cutané est une unité composite résultant de l'interaction humaine et éléments microbiens.
La peau fabrique et transforme des hormones stéroïdes, des neurohormones et des neurotransmetteurs certaines de ces substances chimiques sont éliminés par la sueur et le sébum et entrent en contact les microbes cutanés. Elles influencent ainsi leur adhésion, leur croissance et leur virulence.
Par exemple, il a été démontré que la production locale de substance P [induite par le stress provoque des modifications du microbiote cutané [2, 3]. Cette même substance P est augmentée dans les peaux atteintes accrue est liée à d’ eczéma, d’acné et lors des dysfonctionnement de barrière [4,5,6].
Des chercheurs placent les kératinocytes épidermiques au premier plan des systèmes sensoriels, qui en générant de nombreuses hormones et des neurotransmetteurs influencent l’ état du corps entier et même nos émotions [7].
Ces fonctions jusqu'ici non connues suggèrent que la peau joue un rôle important dans l'adaptation de la physiologie du corps aux changements de l’environnement, et soulève de nouvelles questions sur l'impact du microbiome cutané, agissant seul ou interagissant avec le microbiote intestinal [8], sur ces nombreuses activités systémiques.
Comme cela a été décrit pour le microbiome intestinal, les activités du microbiome cutané sont susceptibles de s'étendre bien au-delà des effets locaux sur la peau.
Il existe déjà des preuves claires que les fonctions immunitaires de la peau sont influencées par le microbiote cutané commensal (9, 10)
La production de substances immunitaires par la peau sous l’influence directe du microbiote, pourrait ainsi avoir des effets sur la régulation de l’immunité générale de l’organisme.
Les bactéries commensales de la peau, peuvent jouer ainsi un rôle important dans la modulation des réponses du système immunitaire, en ce compris la propension à une inflammation systémique et a des implications plus larges encore pour d’autres maladies inflammatoires chroniques.
Tout comme les études ont révélé les liens inattendus entre le microbiote intestinal et le cerveau des liens similaires sont également probables entre la peau et d’autres organes.
La disparition progressive d'espèces anciennes du microbiome humain associée aux changements de notre mode de vie fait émerger de nouvelles dimensions dans notre compréhension de la relation entre l'environnement et les maladies inflammatoires modernes Ceci comprend non seulement les allergies et les maladies immunitaires, mais aussi la santé mentale, qui sont influencés à la fois par le système immunitaire et le microbiome
Comparé à l'intestin, le microbiome de la peau semble présenter davantage de variabilité au fil du temps et montre une large variabilité entre individus. Les facteurs qui modulent la santé et la diversité de ces écosystèmes en pleine maturation ont un potentiel significatif pour moduler les voies immunitaires systémiques et donc influencer la prédisposition à la maladie.
Le Human Microbiome Project continue à examiner ces relations complexes et on espère qu'il révélera associations importantes entre les signatures microbiennes (de la peau et d'autres écosystèmes) et la prédisposition de la maladie pour de nouvelles cibles thérapeutiques
(1) Grice EA, Kong HH, Conlan S, et al. Topographical and temporal diversity of the human skin microbiome. Science. 2009;324(5931):1190–2.
(2) Mijouin L, Hillion M, Ramdani Y, et al. Effects of a skin neuropeptide (substance p) on cutaneous microflora. PLoS One. 2013;8(11):e78773.
(3) N'Diaye A, Mijouin L, Hillion M, et al. Effect of substance P in Staphylococcus aureus and Staphylococcus epidermidis virulence: implication for skin homeostasis. Front Microbiol. 2016;7:506.
(4) Zhan M, Zheng W, Jiang Q, et al. Upregulated expression of substance P (SP) and NK1R in eczema and SP-induced mast cell accumulation. Cell Biol Toxicol. 2017;33(4):389–405.
(5) Lee WJ, Jung HD, Lee HJ, Kim BS, Lee SJ, Kim DW. Influence of substance-P on cultured sebocytes. Arch Dermatol Res. 2008;300(6):311–6.
(6) Negi O, Tominaga M, Tengara S, et al. Topically applied semaphorin 3A ointment inhibits scratching behavior and improves skin inflammation in NC/Nga mice with atopic dermatitis. J Dermatol Sci. 2012;66(1):37–43.
(7) Denda M. Sensing environmental factors: the emerging role of receptors in epidermal homeostasis and whole-body health. In: (Ed.) GTW, ed. Skin stress response pathways. Switzerland: Springer International Publishing; 2016.
(8) Marrs T, Flohr C. The role of skin and gut microbiota in the development of atopic eczema. Br J Dermatol. 2016;175(Suppl 2):13–8
(9) Sanford JA, Gallo RL. Functions of the skin microbiota in health and disease. Semin Immunol. 2013;25(5):370–7.
(10) Hannigan GD, Grice EA. Microbial ecology of the skin in the era of metagenomics and molecular microbiology. Cold Spring Harb Perspect Med. 2013;3(12):a015362